理论
如果能够很好的学习和使用一个工具，最简单的方式便是从官方文档中学习。Tomcat7 Cluster配置如下：http://tomcat.apache.org/tomcat-7.0-doc/cluster-howto.html。对于国内的it人员来说，看英文是比较头疼的事情，对本人也是如此。
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安装说明
系统环境：Linux Centos6.3_64
软件：nginx1.7.7
下载地址：http://nginx.org/en/download.html
源码安装
//首先下载nginx源文件
wget -c http://nginx.org/download/nginx-1.7.7.tar.gz
//确保系统安装了g++、gcc、openssl-devel、pcre-devel和zlib-devel软件
yum install gcc-c++
yum -y install zlib zlib-devel openssl openssl-devel pcre pcre-devel
//首先解压缩
tar -zxv
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在上一篇《生物信息软件安装[1]》中我们已经介绍了R语言的安装，不过我们在使用R的过程中，经常会遇到使用R的其他模块，比如需要使用ggplot2包，所以我们就需要在R安装的基础上安装ggplot2包。
安装完成R之后，进入R的控制台,按照以下命令进行操作即可：
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今天系统突然响应慢了很多，所以就考虑对目前的系统进行优化，底层mysql开启慢查询日志的记录，同时使用一些测试的工作对网站的性能进行测试。我们使用chrome浏览器进行分析加载速度的时候发现很多没有注意到的细节，这是我们以后运维需要加强学习的地方。我们发现有很多css和js文件都100多kb，造成资源加载的时候会非常慢，同时使用一些在线工具eg阿里测等进行监测，我们确实有很多工作可以做，例如开启tomcat的gzip压缩。
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写在前面的话
真正开始接触linux操作系统是在工作后，接触的是centos操作系统，当时开发的系统需要部署在centos上，所以慢慢地对centos有所了解。为了更好的学习，就在自己笔记本电脑上安装了ubuntu操作系统，从最初的10.10一直使用到了14.04。这之间服务器也一直在使用centos操作系统，从5.5到了6.5.
虽然使用linux操作系统很长时间了，但是总感觉对linux操作系统不是很有感觉，总是有不明白的地方。特别是linux系统软件的安装，即使能够正确安装还是有些胆战心惊的担心操作是错误的。
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写在前面的话
本文主要记录常用的生物信息分析软件在centos操作系统上面的安装，生物信息分析的工作大部分和linux操作系统分不开，使用的很多软件也都需要在centos或其他操作系统上进行安装，本文以centos为基础进行。
软件安装列表
1、samtools
2、R
3、Blast
4、Bwa
5、Bowie
Samtools
本文采用的samtools安装版本为：samtools-0.1.19.tar.bz2，如果有特殊要求请再另行下载符合需要的版本。
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前言
随着系统数据量的增加，单台的数据库系统有时候不能满足实际需求，无论是在安全性、高可用性及高并发等方面。
1、可以作为一种备份机制，相当于热备份。主服务器挂掉，从服务器可以提供服务
2、可以做读写分离，均衡数据库负载。
MariaDB的安装可以参考：MariaDB安装
Mysql的安装可以参考：Mysql安装
主从复制（全部复制）
环境
整个系统的配置都是在centos6.3操作系统下进行，机器分别为：192.168.1.100和192.168.1.101
主服务器：192.168.1.100
从服务器：192.168.1.101
主从服务器都已经安装上了MariaDB5.5.40，root初始密码为：123abc
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写在前面的废话
目前celloud系统要从原有机房迁移到新的环境下，同时也要从mysql数据库迁移到mariadb，在这之前系统的开发已经在mariadb上进行多日的测试。
mariadb目前的比较稳定的版本为mariadb5.5.40和10.0.14，为了保证系统的稳定性我们觉得迁移到5.5.40版本。mariadb5.5.*版本和mysql的命令及使用差异很小。
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在生物信息分析工作中，经常会遇到序列格式的转换，SAM格式和BAM格式的转换。所以我们需要安装samtools工作。但是在MAC下面安装和windows下面有些不同。这里我们使用brew进行安装。
具体安装步骤如下：
brew tap homebrew/science
brew install samtools
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问题
perl: warning: Setting locale failed.
perl: warning: Please check that your locale settings:
LANGUAGE = "en_US:",
LC_ALL = (unset),
LC_PAPER = "zh_CN.UTF-8",
LC_ADDRESS = "zh_CN.UTF-8",
LC_MONETARY = "zh_CN.UTF-8",
LC_NUMERIC = "zh_CN.UTF-8",
LC_TELEPHONE = "zh_CN.UTF-8",
LC_IDENTIF
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