写在前面的话
真正开始接触linux操作系统是在工作后，接触的是centos操作系统，当时开发的系统需要部署在centos上，所以慢慢地对centos有所了解。为了更好的学习，就在自己笔记本电脑上安装了ubuntu操作系统，从最初的10.10一直使用到了14.04。这之间服务器也一直在使用centos操作系统，从5.5到了6.5.
虽然使用linux操作系统很长时间了，但是总感觉对linux操作系统不是很有感觉，总是有不明白的地方。特别是linux系统软件的安装，即使能够正确安装还是有些胆战心惊的担心操作是错误的。
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写在前面的话
本文主要记录常用的生物信息分析软件在centos操作系统上面的安装，生物信息分析的工作大部分和linux操作系统分不开，使用的很多软件也都需要在centos或其他操作系统上进行安装，本文以centos为基础进行。
软件安装列表
1、samtools
2、R
3、Blast
4、Bwa
5、Bowie
Samtools
本文采用的samtools安装版本为：samtools-0.1.19.tar.bz2，如果有特殊要求请再另行下载符合需要的版本。
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在生物信息分析工作中，经常会遇到序列格式的转换，SAM格式和BAM格式的转换。所以我们需要安装samtools工作。但是在MAC下面安装和windows下面有些不同。这里我们使用brew进行安装。
具体安装步骤如下：
brew tap homebrew/science
brew install samtools
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在上一篇《生物信息软件安装[1]》中我们已经介绍了R语言的安装，不过我们在使用R的过程中，经常会遇到使用R的其他模块，比如需要使用ggplot2包，所以我们就需要在R安装的基础上安装ggplot2包。
安装完成R之后，进入R的控制台,按照以下命令进行操作即可：
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以前一直在使用ssh、ssi、guice等框架，SpringMVC也是一个比较火热的技术，一直没有实际体验过。目前在考虑某个项目的技术架构，考虑到了该技术，最近也在熟悉spring mvc方面的信息。
简介
Spring是一个开源框架，是为了解决企业应用程序开发复杂性而创建的。框架的主要优势之一就是其分层架构，分层架构允许您选择使用哪一个组件，同时为J2EE应用程序开发提供集成的框架。
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