写在前面的话
系统安装了ubuntu14.04的64位操作系统，ubuntu系统自带的输入法确实不敢恭维，所以选择安装sogou拼音输入法。但是直接在sogou官网下载了安装包安装之后，可以正常使用，但是偶尔也会出现输入法找不到情况。经过google，说是系统中ibus、fcitx的原因，ubuntu自带的fcitx版本比较旧。
安装
首先删除系统自带的输入法：
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安装全局 npm 模块报 EACCES 错误的问题，例如：
$ npm install -g coffee-script
因为缺省的 npm 全局安装目录(/usr/local/node_modules)没有给当前登录用户以写权限。
当然可以在前面加上 sudo 来提升用户权限，但其实还有更好的方法
你可以通过以下三种方式的任意一种解决这个问题:
修改npm默认安装目录的权限
修改npm默认安装目录
借助第三方工具安装node，比如brew
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如果线上服务器可以连外网的话，当然是用官方提供的命令来安装插件最简单了，但是可惜的是，好多公司线上服务器是没有外网访问权限的，这就需要在使用某些插件的时候，进行离线安装。而离线安装有两种方式，一种是在可以联网的机器上安装插件，之后使用prepare-offline-pack命令打包，然后将打包文件上传到不能联网的服务器，再使用prepare-offline-pack解包，安装。但是这种方式太麻烦，要求你必须要有一个可以联网的机器，最好还是和不能联网的服务器相同的配置环境，这里推荐一种更好的方案，来解决离线安装插件的问题。
先演示一下，正常的联网环境是如何操作的，如下所示
shell
[elastic@escluster logst
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前言
安装软件之前需要确保你已经安装了python，Mac系统自带了python，如果是其他系统可以考虑安装。
安装Setuptools
首先从https://bitbucket.org/pypa/setuptools/raw/bootstrap/ez_setup.py这个网址下载ez_setup.py，然后使用python进行安装，步骤如下：
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Eclipse 安装插件
一、通过Eclipse MarketPlace 安装
打开 Eclipse 选择 Help-->Eclipse MarketPlace,在其中查找相应的插件选择安装即可。
二、通过 Install 安装
打开 Eclipse 选择 Help-->Install New Software,在Add中添加所需要的插件
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树莓派基本配置
树莓派设备安装RASPBIAN系统
使用raspi-config进行配置
参考http://blog.csdn.net/xdw1985829/article/details/38816375
更新系统到最新sudo apt-get update & sudo apt-get upgrade
安装JRE环境
sudo apt-get install openjdk-7-jre
安装MySQL
sudo apt-get install mysql-server
安装PHPMyAdmin
sudo apt-get install phpmyadmin
安装Openfire服务
下载：wg
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在生物信息分析工作中，经常会遇到序列格式的转换，SAM格式和BAM格式的转换。所以我们需要安装samtools工作。但是在MAC下面安装和windows下面有些不同。这里我们使用brew进行安装。
具体安装步骤如下：
brew tap homebrew/science
brew install samtools
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安装Ubuntu之后做的几件事：
对的，我换电脑了！换了个8G内存宏碁的笔记本，这样就能搞得起某些数据分析的算法了。
买来新电脑第一件事当然是装系统啦，但是装完系统后好多软件需要重新安装。虽然说Ubuntu可以直接导出软件源和已安装软件列表，但是发现自己好多软件就不是用apt-get安装的。所以在此记录下本次装系统所做修改，以备不时之需。
首先是Ubuntu版本的选择，现在Ubuntu已经有了16.04版本，就选了最新的。但是，一定要选麒麟版本！第一次觉得之前碰到些错误信息是中文的不方便谷歌，所以没选麒麟，结果中文输入法装的真的很麻烦！本来想装搜狗的中文输入法的，结果各种依赖关系不满足，而且有些还找不到软件源。。。总之各种麻烦
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最近工作中需要用到docker，所以决定自己搭建一个docker环境，于是选择在virtualbox上安装centos7虚拟机，并在虚拟机上安装docker，没搭建环境之前，觉得应该很简单，没想到折腾了好长时间。比如安装的centos7版本不支持docker，最后导致重装，所以特此记录下安装步骤及注意事项。
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写在前面的话
本文主要记录常用的生物信息分析软件在centos操作系统上面的安装，生物信息分析的工作大部分和linux操作系统分不开，使用的很多软件也都需要在centos或其他操作系统上进行安装，本文以centos为基础进行。
软件安装列表
1、samtools
2、R
3、Blast
4、Bwa
5、Bowie
Samtools
本文采用的samtools安装版本为：samtools-0.1.19.tar.bz2，如果有特殊要求请再另行下载符合需要的版本。
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