写在前面的话
默认安装的centos操作系统，基本上都已经默认安装了perl环境，所以如果仅仅是在一台机器上使用perl语言，我们基本上不需要重新安装perl，除非你需要特定的版本或者合同规定某个特定版本。本人遇到的问题不是特定版本的需求。
真实需求：本人使用的SGE计算集群进行基因组的计算任务，计算节点都是通过管理节点安装的，整个集群顺利安装完成。针对软件的要求，需要安装相关的perl环境模块，因为计算节点有30多个，perl模块安装需要在这些节点上进行，工作量巨大，即使可以完成，后续维护和版本的升级管理也是很不方便，另外随着流程的增加perl依赖的模块也需要增加安装，这样就造成大量的重复性工作。
解决方案：因为SGE集
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Samba简介
Samba是在Linux和UNIX系统上实现SMB协议的一个免费软件，由服务器及客户端程序构成。SMB（Server Messages Block，信息服务块）是一种在局域网上共享文件和打印机的一种通信协议，它为局域网内的不同计算机之间提供文件及打印机等资源的共享服务。SMB协议是客户机/服务器型协议，客户机通过该协议可以访问服务器上的共享文件系统、打印机及其他资源。通过设置“NetBIOS over TCP/IP”使得Samba不但能与局域网络主机分享资源，还能与全世界的电脑分享资源。
如果您工作的环境中既有微软的Windows又有Linux，那么，一个共享文件及目录的方式便是通过一个跨平台网络文件共享协议：
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简单的方法
Tomcat安装目录下的bin目录有两个脚本分别用来启动和停止Tomcat，分别是startup.sh, shutdown.sh，你可以用这两个脚本来手工启动和停止Tomcat服务并进行安装后的测试。我们最简单的方法就是通过startup.sh来自动启动Tomcat，编辑/etc/rc.d/rc.local 增加内容.
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1、查看mariadb数据库最大连接数
```
MariaDB [(none)]> show variables like 'max_connections';
+-----------------+-------+
| Variable_name | Value |
+-----------------+-------+
| max_connections | 151 |
+-----------------+-------+
1 row in set (0.00 sec)
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写在前面的话
本文主要记录常用的生物信息分析软件在centos操作系统上面的安装，生物信息分析的工作大部分和linux操作系统分不开，使用的很多软件也都需要在centos或其他操作系统上进行安装，本文以centos为基础进行。
软件安装列表
1、samtools
2、R
3、Blast
4、Bwa
5、Bowie
Samtools
本文采用的samtools安装版本为：samtools-0.1.19.tar.bz2，如果有特殊要求请再另行下载符合需要的版本。
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1）如果系统已经安装java，通过以下方式设置java相关环境变量：
$ ls -lrt /usr/bin/java
lrwxrwxrwx. 1 root root 22 Mar 20 14:49 /usr/bin/java -> /etc/alternatives/java
$ ls -lrt /etc/alternatives/java
lrwxrwxrwx. 1 root root 73 Mar 20 14:49 /etc/alternatives/java -> /usr/lib/jvm/java-1.8.0-openjdk-1.8.0.161-0.b14.el7_4.x86_64/jre/bin/java
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1 下载openmpi源码
通过官方网站提供的下载地址：https://download.open-mpi.org/release/open-mpi/v3.1/openmpi-3.1.0.tar.gz，下载3.1版的openmpi，在命令行执行如下命令，会将openmpi-3.1.0.tar.gz文件下载到当前目录：
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从CentOS 7.x开始，CentOS开始使用systemd服务来代替daemon，原来管理系统启动和管理系统服务的相关命令全部由systemctl命令来代替。
1、原来的 service 命令与 systemctl 命令对比
| daemon命令 | systemctl命令 | 说明 |
| ------------- | ------------- | ------------- |
| service [服务] start | systemctl start [unit type] | 启动服务 |
| service [服务] stop | systemctl stop [unit type] | 停止服务 |
| s
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CentOS的版本号信息一般存放在配置文件当中，在CentOS中，与其版本相关的配置文件中都有centos关键字，该文件一般存放在/etc/目录下，所以说我们可以直接在该文件夹下搜索相关的文件
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口令登录
bash
# ssh user@host 如：ssh pika@192.168.0.111
SSH的publish key和private key都是自己生成的，没法公证。只能通过Client端自己对公钥进行确认。通常在第一次登录的时候，系统会出现下面提示信息：
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必备设置
安全设置（可选）
创建用户并赋予sudo权限
bash
# id root # 查看 root 用户所属 group
# useradd -g 0 geekspeng # 新建用户，-g 指明所属group,与root保持一致
# passwd geekspeng # 设置密码
# visudo # 或者 vim /etc/sudoers
文件内容改变如下：
root ALL=(ALL) ALL 已有行
geekspeng ALL=(ALL) ALL 新增行
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