安装Mongodb
mac上安装主要有两种方式: Homebrew安装 && 手动安装
使用Homebrew安装Mongodb
1 更新Homebrew
打开系统shell, 运行以下命令
brew update
继续阅读 »
在上一篇《生物信息软件安装[1]》中我们已经介绍了R语言的安装,不过我们在使用R的过程中,经常会遇到使用R的其他模块,比如需要使用ggplot2包,所以我们就需要在R安装的基础上安装ggplot2包。
安装完成R之后,进入R的控制台,按照以下命令进行操作即可:
继续阅读 »
如果线上服务器可以连外网的话,当然是用官方提供的命令来安装插件最简单了,但是可惜的是,好多公司线上服务器是没有外网访问权限的,这就需要在使用某些插件的时候,进行离线安装。而离线安装有两种方式,一种是在可以联网的机器上安装插件,之后使用prepare-offline-pack命令打包,然后将打包文件上传到不能联网的服务器,再使用prepare-offline-pack解包,安装。但是这种方式太麻烦,要求你必须要有一个可以联网的机器,最好还是和不能联网的服务器相同的配置环境,这里推荐一种更好的方案,来解决离线安装插件的问题。
先演示一下,正常的联网环境是如何操作的,如下所示
shell
[elastic@escluster logst
继续阅读 »
前言
安装软件之前需要确保你已经安装了python,Mac系统自带了python,如果是其他系统可以考虑安装。
安装Setuptools
首先从https://bitbucket.org/pypa/setuptools/raw/bootstrap/ez_setup.py这个网址下载ez_setup.py,然后使用python进行安装,步骤如下:
继续阅读 »
Eclipse 安装插件
一、通过Eclipse MarketPlace 安装
打开 Eclipse 选择 Help-->Eclipse MarketPlace,在其中查找相应的插件选择安装即可。
二、通过 Install 安装
打开 Eclipse 选择 Help-->Install New Software,在Add中添加所需要的插件
继续阅读 »
树莓派基本配置
树莓派设备安装RASPBIAN系统
使用raspi-config进行配置
参考http://blog.csdn.net/xdw1985829/article/details/38816375
更新系统到最新sudo apt-get update & sudo apt-get upgrade
安装JRE环境
sudo apt-get install openjdk-7-jre
安装MySQL
sudo apt-get install mysql-server
安装PHPMyAdmin
sudo apt-get install phpmyadmin
安装Openfire服务
下载:wg
继续阅读 »
在生物信息分析工作中,经常会遇到序列格式的转换,SAM格式和BAM格式的转换。所以我们需要安装samtools工作。但是在MAC下面安装和windows下面有些不同。这里我们使用brew进行安装。
具体安装步骤如下:
brew tap homebrew/science
brew install samtools
继续阅读 »
安装Ubuntu之后做的几件事:
对的,我换电脑了!换了个8G内存宏碁的笔记本,这样就能搞得起某些数据分析的算法了。
买来新电脑第一件事当然是装系统啦,但是装完系统后好多软件需要重新安装。虽然说Ubuntu可以直接导出软件源和已安装软件列表,但是发现自己好多软件就不是用apt-get安装的。所以在此记录下本次装系统所做修改,以备不时之需。
首先是Ubuntu版本的选择,现在Ubuntu已经有了16.04版本,就选了最新的。但是,一定要选麒麟版本!第一次觉得之前碰到些错误信息是中文的不方便谷歌,所以没选麒麟,结果中文输入法装的真的很麻烦!本来想装搜狗的中文输入法的,结果各种依赖关系不满足,而且有些还找不到软件源。。。总之各种麻烦
继续阅读 »
最近工作中需要用到docker,所以决定自己搭建一个docker环境,于是选择在virtualbox上安装centos7虚拟机,并在虚拟机上安装docker,没搭建环境之前,觉得应该很简单,没想到折腾了好长时间。比如安装的centos7版本不支持docker,最后导致重装,所以特此记录下安装步骤及注意事项。
继续阅读 »
写在前面的话
本文主要记录常用的生物信息分析软件在centos操作系统上面的安装,生物信息分析的工作大部分和linux操作系统分不开,使用的很多软件也都需要在centos或其他操作系统上进行安装,本文以centos为基础进行。
软件安装列表
1、samtools
2、R
3、Blast
4、Bwa
5、Bowie
Samtools
本文采用的samtools安装版本为:samtools-0.1.19.tar.bz2,如果有特殊要求请再另行下载符合需要的版本。
继续阅读 »